Der Botanische Garten wurde mit Gründung der halleschen Universität als Arzneigarten angelegt. 1698 ließ Prof. Georg Ernst Stahl die ersten Beete im Garten pflanzen, heute steht das gesamte Areal im Besitz der Universität und beherbergt ca. 12.000 verschiedene Pflanzenarten. Noch um 1800 waren es gerade knapp ein Viertel (2.962) davon.
Der Botanische Garten verfügt über eine Gesamtfläche von ca. 4,5 ha, wovon knapp 3.000 m² mit Glas überdacht sind.
Seine Hauptfunktion besteht in der Kultivierung verschiedener Pflanzen durch das Institut für Geobotanik der Universität. In den Sommermonaten kann ein Teil des Gartens besichtigt werden, darunter Kakteen, fleischfressende Pflanzen und Victoria-Seerosen im gleichnamigen Haus. In der über 300 Jahre alten Botanikschule werden heute noch Schulklassen unterrichtet.
Johann Wolfgang von Goethe besuchte im Jahr 1802 die zum Gelände gehörende 1788 errichtete Sternwarte, welche inzwischen unter Denkmalschutz steht.