Die Neue Residenz war der dritte große Residenzbau der Magdeburger Erzbischöfe in Halle. Zunächst war seit dem 10. Jahrhundert die Burg Giebichenstein ihre Residenz, dann, im späten 15. Jahrhundert, wurde es die Moritzburg, die im Nordwesten der Altstadt entstand. So erklärt sich auch der Namenszusatz "Neue". Mit der Errichtung der Vierseitanlage über dem Mühlgraben ging ein massiver Wandel des Stadtbildes und des Domplatzes einher. Das alte Hospital St. Cyriakus wurde in das Zisterzienserkloster nach Glaucha verlegt, seine Gebäude mussten dem Wohnsitz des Kardinals Albrecht von Brandenburg weichen, der 1531-1539 errichtet wurde. Auch Steine und Bauteile des Klosters Neuwerk wurden hier verwendet, finden sich zum Teil noch sichtbar im Inneren. Diese bewegte Geschichte zeigt sich auch in den zahlreichen Materialien, die die Saalefront prägen. An dieser Seite gab es früher zudem ein Brücke zur Saaleinsel.
Wie alle Residenzen der Bischöfe hatte sie eine Kapelle. Diese befindet sich an der nördlichen Hofseite gen Dom, und ist eine Allerheiligenkapelle, wurde in den letzten Jahrzehnten aber als Geiseltalmuseum genutzt. Die museale und universitäre Benutzung der Neuen Residenz hatte eine gewisse Tradition, wurde aber mittlerweile beendet. In seinem heutigen Erscheinungsbild wirkt die Neue Residenz durchaus noch malerisch, doch hat sie im Laufe der Jahrhunderte vieles von ihrer Pracht eingebüßt. So wurden die zahlreichen Giebelerker, die noch auf der Merian-Ansicht zu sehen sind, beseitigt und im Innenhof die Arkadengänge zugemauert.
Zusammen mit dem Dom bildete die Neue Residenz seit 1520 das Kollegiatstift St. Moritz und Maria Magdalena. Im Jahr 1535 wurde es vom Papst als Universität anerkannt, doch 1541 beendete die Reformation diese nur zehn Jahre andauernde Episode. Später war das Gebäude mehrfach Herrschersitz. Im Schmalkaldischen Krieg fand hier nach der Schlacht von Mühlberg im Jahr 1547 der berühmte Kniefall des Landgrafen Philipp von Hessen vor dem deutschen Kaiser Karl V. (Habsburger) statt, der trotzdem zu seiner Inhaftierung führte. Auch der letzte Administrator des Erzstifts Magdeburg - Herzog August von Sachsen-Weißenfels (1614-1680) - nutzte das Gebäude als Residenz.
Im Laufe der Jahrhunderte befanden sich hier später unter anderem das Entbindungsinstitut, das anatomische Theater, die anatomisch-physiologische Sammlung, das mineralogische Kabinett oder auch die Sammlung des Thüringisch-Sächsischen Vereins. Die Allerheiligenkapelle fungierte nach der Wiederzulassung des katholischen Glaubens und bis zur Fertigstellung der Propsteikirche als katholische Kirche Halles.
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