Wie die anderen Wassermühlen der einstigen Dörfer im heutigen Stadtgebiet von Halle (etwa in Böllberg oder Ammendorf) ist auch die Mühle von Trotha in der Gründerzeit gewaltig angewachsen. Der heutige Gebäudekomplex besteht daher vor allem aus Bauten des 19. Jahrhunderts, die mittlerweile zum Teil zu Wohnzwecken umgebaut wurden. Das Mühlengehöft ist dennoch gut zu erkennen.
An der Südostecke des heutigen Hauptgebäudes befindet sich eine historische Hochwassermarke mit dem bischöflichen Wappen sowie eine alte Inschrifttafel aus dem Jahr 1469, deren Text die Sächsische Akademie der Wissenschaften folgendermaßen wiedergibt:
anno dni
m cccc lxix
hc op pfect
affc gal
Sie berichtet demnach von der Fertigstellung der Mühle in diesem Jahr.
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