Die Geschichte der Universitätssternwarte ist eine Geschichte der Missverständnisse. Errichtet im Jahr 1788 ist sie eine der ältesten Universitätssternwarten Deutschlands und war die erste ihres Typs in Preußen. Trotzdem war sie von Anfang an ein Misserfolg.
Erbaut im Stil des Klassizismus auf dem höchsten Punkt des Botanischen Gartens, wurde sie vom Physiker und Professor für Mathematik Georg Simon Klügel (1739-1812), der in diesem Jahr aus Göttingen nach Halle berufen worden war, eingerichtet. In Göttingen gab es bereits seit 1750 eine Universitätssternwarte, so dass er wesentlicher Ideengeber gewesen sein dürfte.
Architekt war der Berliner Carl Gotthard Langhans (1732-1808), der ein Jahr später sein bekanntestes Werk, das Brandenburger Tor in Berlin begann. Die Oberaufsicht führte der Universitätskanzler Carl Christoph von Hoffmann (1735-1801), der immer bemüht war, es allen Professoren recht zu machen und sie so freundschaftlich an sich zu binden, wie aus einem zeitgenössischen Charakterbild (Johann Christoph Hoffbauer - Geschichte der Universität zu Halle bis zum Jahre 1805) hervorgeht. Dieser ließ sich bereits 1790 freistellen, was der weiteren Entwicklung der Sternwarte sicher nicht zugute kam.
Schon in Hoffbauers Werk aus dem Jahr 1805 wird die Sternwarte als "wenig genutzt" beschrieben und lediglich als Zierde für den Botanischen Garten bezeichnet, der in dieser Zeit wesentlich erweitert wurde. Fünfzig Jahre später kann man in Knauths Wegweiser durch Halle und seine Umgebungen (1853) lesen, dass 1826 eine "wesentliche und zweckmäßige Umgestaltung" erfolgte, die Ausstattung aber weiterhin dürftig war.
Wieder einige Jahrzehnte später heißt es im Führer durch Halle an der Saale und Umgebung. Den Theilnehmern an der XXXI. Hauptversammlung des Vereins deutscher Ingenieure 1890 gewidmet vom Thüringer Bezirksverein sie "soll den heutigen an ein derartiges Institut zu stellenden Ansprüchen noch nicht genügen" und eine Besichtigung sei derzeit nicht gestattet. Sehr viel deutlicher wird schließlich der um 1910 veröffentlichte Führer durch Halle a. S., zugleich illustrierter Wegweiser durch das Hallesche Geschäftsleben. Dort wird geschrieben, es sei eine "infolge ihrer ungünstigen Lage zu Beobachtungszwecken nicht zu benutzende Sternwarte", denn was man nicht bedacht hatte, war, dass die Bäume im Botanischen Garten die Sicht gen Himmel behindern würden, so dass man keine regelmäßigen wissenschaftlichen Beobachtungen stattfinden konnten, wie am deutlichsten von allen Wangerin 1904 im Führer durch Halle a. d. S. und seine staatlichen und städtischen Einrichtungen und Anstalten schreibt, der zudem ergänzt, dass „die sehr mangelhafte instrumentelle Einrichtung, modernen Anforderungen in keiner Weise entspricht.“
Der dreigeschossige, knapp zehn Meter hohe, achteckige Bau ist heute wenig beachtet, gehört aber zu den bedeutenderen Werken des Frühklassizismus, denn er stammt aus einer Zeit, in der Karl Friedrich Schinkel (1781-1841) noch ein Kind war. Die Universitätssternwarte ist zudem das älteste von der Universität Halle errichtete Bauwerk und war stets Forschungsstätte und Bildungseinrichtung, die im Mittelgeschoss eine eigene Bibliothek (1.600 Bände) besaß, welche im Jahr 1923 in die Universitäts- und Landesbibliothek überführt wurde und dort als Sondersammlung weiterbesteht.
In Halle gibt es heute mehrere astronomische Einrichtungen, etwa das vom Hochwasser 2013 schwer beschädigte Raumflugplanetarium, das nur wenige hunderte Meter entfernt auf der Peißnitzinsel entstand, oder das Planetarium in Kanena, wo sich auch einen Sternwarte befindet.