Der Dom zu Halle ist das größte Gotteshaus in der Altstadt der Saalestadt. Er wurde 1271 ursprünglich vom Dominikanerorden als "Klosterkirche St. Paul zum Heiligen Kreuz" errichtet, wobei die Fertigstellung erst 1330 erfolgte. Die Bezeichnung "Dom" erhielt das Bauwerk wohl früh aus dem Volksmund, da Halle nie Hauptsitz des katholischen Erzbistums Magdeburg war, hier jedoch lange Zeit die Erzbischhöfe als Regierende der Stadt residierten.
In den 1520er Jahren wurde das Gotteshaus auf Veranlassung des Kardinals Albrecht von Brandenburg umgebaut und die Innenausstattung (u.a. durch Werke von Matthias Grünewald), prächtig gestaltet. Er siedelte die Dominikaner zur Moritzkirche um, erhob die ehemalige Dominikanerkirche zur zweithöchsten Kirche des Erzbistums und weihte sie zur "Kollegiatsstiftskirche St. Mauritius und Maria Magdalena zum Goldenen Schweißtuch des Herrn". Das Stift bestand aber nur bis zur Reformation im Jahr 1541. Danach stand die Kirche faktisch leer, denn Albrecht hatte seine hier und in der Neuen Residenz zusammengetragene Reliquiensammlung ("Hallesches Heilthum") wegbringen lassen.
Bis zum Jahr 1561 war sie wieder Klosterkirche der Dominikaner, weitere zwanzig Jahre später wurde daraus die "Dom- und Schlosskirche Zur Heiligen Dreifaltigkeit", zu welcher sie der Markgraf Joachim Friedrich von Brandenburg, Administrator des Magdeburger Erzbistums, erhob. Nach dieser kurzen Periode als evangelischer Dom versank die Kirche wieder in den Dornröschenschlaf bis ein Nachfolger Joachims, der Herzog August von Sachsen, sie 1644 zur Hofkirche umgestaltete.
Schließlich wurde die Kirche nach dem Dreißigjährigen Krieg der mittlerweile dritten christlichen Glaubensauslegung überlassen: der deutsch-reformierten Gemeinde, mit der im Jahr 1806 auch die französisch-reformierte Gemeinde fusionierte, die seit 1690 die Kapelle der Moritzburg nutzte. Die Reformierte Kirche nutzt die Kirche bis heute.
Anfang des 18. Jahrhunderts war Georg Friedrich Händel Organist im Dom. Zwischen 1996 und 2005 fanden umfangreiche Sanierungsarbeiten statt, die von der Domstiftung Sachsen-Anhalt finanziert wurden.