Heute fließen durch das Stadtgebiet von Halle gleich zwei größere Flüsse, nämlich die Weiße Elster von Ost nach West im Süden der Stadt und die Saale von Süd nach Nord. Da beide Flüsse aus den thüringischen Gebirgen kommen, bedingen dortige Schneeschmelzen oder Starkregenereignisse teils schwere Hochwasser in Halle, die immer dann besonders heftig ausfallen, wenn Elster und Saale Hochwasser führen. Mindestens 25 Mal wurde in Halle-Trotha seit dem Mittelalter die Acht-Meter-Marke übertroffen, zuletzt im Juni 2013. An eine ganze Reihe dieser Hochwasserereignisse erinnern die Hochwassermarken an der Neumühle, die teilweise in mehr als zwei Meter Höhe angebracht sind, und somit genauso hoch über dem Hochwasser vom Januar 2011 stehen, bei dem die Brücke neben der Neumühle fast überspült worden wäre.
Die beiden schwersten Saalehochwasser datieren aus den Jahren 1595 und 1799. Am 2. März 1595 wurde in Halle-Trotha, wo die Marken ebenfalls an einer Mühle festgehalten werden, ein Pegelstand von 10,15 Metern gemessen, und am 24./25. Februar 1799 betrug er 10,12 Meter. Diese Hochstände wurden ein drittes Mal am 24./25. November 1890 (10,10 Meter) erreicht, aber nicht mit einer eigenen Tafel dokumentiert, wie Dr. Gerhard Zinke in seiner 2011 erschienen Publikation "Die historische Entwicklung der hydrographischen Bedingungen in der Stadtregion Halle unter besonderer Berücksichtigung der Hochwasserverhältnisse" berichtet. Er untersuchte hierbei lediglich die Hochwassereignisse seit dem Jahr 1559, doch auch aus früheren Jahrhunderten existieren Berichte von derart extremen Vorkommnissen.
Der wichtige hallische Chronist Johann Christoph v. Dreyhaupt berichtet uns 1749, dass im Jahr 1345 die Saale so hoch stand, „daß man auf den Zinnen der Stadt-Mauren hat Wasser schöpfen können.“ Dasselbe vermeldet er auch vom Jahr 1365, wobei er sicher jeweils aus chronikalischen Aufzeichnungen schöpfen konnte. Damals floss die Saale freilich noch direkt unterhalb der Moritzkirche an der Altstadt vorbei, so dass sie auf noch längerer Strecke die Westseite der Altstadt begleitete. Vom Jahr 1432 berichtet Dreyhaupt das wahrscheinlich höchste Hochwasser in der Geschichte Halles mit den Worten: „ist das Wasser … über die Stadtmauer gegangen, so daß man mit Kähnen über die Stadtmauer fahren können.“ Auch aus Thüringen und von der Elbe wird für dieses Jahr ein extremes Hochwasser berichtet, das Dutzende Dörfer komplett wegspülte. Die Neumühle hat auch das miterlebt, doch nicht in ihrer heutigen Baugestalt, die aus dem 16. Jahrhundert stammt und daher auch nur von Hochwassern berichtet, die sich seitdem ereigneten. Wie so oft finden sich an dem historischen Bauwerk Schmierereien Unwissender.
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